Деятельность отдела анализа политики здравоохранения (ОАПЗ) направлена на оказание содействия МЗ КР в повышении эффективности государственного управления, принятия обоснованных решений по политике здравоохранения и регулированию сектора здравоохранения со своевременным и результативным реагированием на изменения и вызовы в области здравоохранения.

ОАПЗ организует проведение исследований по оценке медицинской, экономической и социальной эффективности мероприятий, программ и инвестиционных проектов, основанных на качестве и доказательности результатов исследований, которое включает в себя разработку и внедрение единых методических подходов на всех этапах сбора, обработки и анализа данных. 

ОАПЗ оказывает содействие и поддержку МЗ КР в процессе непрерывного систематического и прозрачного внедрения результатов исследований. Отдел содействует развитию международного сотрудничества и проведению совместных международных исследований в области изучения показателей здоровья населения и факторов, влияющих на них.